Ce projet serait sous la direction de : M. Thierry BERGES et M. Nicolas DEGUINES

Unité de recherche : EBI – équipe EES

Ecole doctorale : Rosalind Franklin – énergie, environnement, bio santé

Intitulé du sujet :

Evaluation des effets in situ des pesticides sur les communautés d’invertébrés du sol des milieux agricoles

Evaluation of the in situ effects of pesticides on soil invertebrate communities in agricultural landscapes

Début de thèse : à partir du 01/10/2026

Mots clés : Analyse de données, Communautés, Paysages, Pesticides, Invertébrés du sol, Pratiques agricoles, Sciences participatives

 

Résumé :

A l’ère de l’Anthropocène et de la sixième crise majeure d’extinction causées directement et indirectement par les activités anthropiques, il est crucial de veiller à la santé de l’environnement et réduire les pressions sur la biodiversité. Les études démontrant un fort déclin de la biodiversité dans les espaces agricoles s’accumulent. Parmi d’autres facteurs, l’utilisation de pesticides pour la production agricole comporte des risques pour la biodiversité, exposée à ces produits qui diffusent largement dans l’environnement. Il est donc primordial d’évaluer les conséquences de l’exposition in natura de la biodiversité aux pesticides.

La thèse propose de contribuer à cet objectif en se concentrant sur les invertébrés du sol des milieux agricoles. Alors qu’ils participent à des fonctions et services écosystémiques importants, ces organismes demeurent insuffisamment étudiés. La littérature écotoxicologique existante relative à ces organismes pointe des effets délétères à l’échelle des individus, des populations et des communautés. Néanmoins, ces résultats sont i) majoritairement issus d’études en laboratoires ou en champ semi-contrôlées, ii) ne couvrent pas l’ensemble des pesticides utilisés, et iii) ne reflètent pas nécessairement les communautés sauvages d’invertébrés du sol. La thèse permettra de pallier ces manques en adoptant une approche à large échelle englobant des contextes biogéographiques et agricoles variés grâce à l’analyse des données du programme de sciences participatives Observatoire Agricole de la Biodiversité.

La thèse sera structurée en trois questions :

Q.1 Quelles sont les effets éventuels des pesticides sur l’abondance de différents invertébrés du sol ? Une approche globale de l’ensemble des substances sera mise en œuvre, reposant sur un indicateur de risque total et un indicateur de diversité des risques, chacun prenant en compte les propriétés des substances (dose létale médiane, temps de demi-vie, métabolites).

Q.2 A l’échelle de la France, les communautés d’invertébrés du sol voient-elles leur composition diverger entre ces mélanges d’exposition ?

Q.3 Des substances ou familles de substances ont-elles des effets particulièrement importants sur les différents invertébrés du sol ? Une approche temporelle est envisagée afin d’évaluer si l’apparition ou l’interdiction de certaines substances modifient les communautés (p. ex. l’interdiction au 1er septembre 2018 de l’usage des néonicotinoïdes).

Les réponses apportées par la thèse auront des applications en biologie de la conservation et en agroécologie.

Détails sur le sujet et les **modalités de candidature** sur le lien suivant :
https://drive.google.com/file/d/1_1C-4oMormNdC2SgotV8eEuTpBjds_Gm/view?usp=sharing

 

Contexte et problématique :

La production agricole dépend de nombreux facteurs. Depuis la 2nde moitié du XIXème siècle, l’intensification des pratiques agricoles a permis d’augmenter les rendements. Cependant, ce gain s’est fait au détriment de la biodiversité, y compris d’auxiliaires de cultures qui peuvent contribuer significativement aux rendements agricoles au travers des services écosystémiques de pollinisation, de contrôle des ravageurs, et du recyclage de la matière organique. La lutte contre les ravageurs des cultures a justifié l’usage de pesticides en quantité (x3 en France entre 2010 et 2014) et diversité croissante. La spécificité des pesticides étant insuffisante, des dommages collatéraux sont mesurés en laboratoire sur des organismes non-cibles et observés sur la santé humaine (les agriculteurs en particulier).

L’éventuelle mise en évidence d’effets délétères de l’utilisation in natura des pesticides sur les auxiliaires des cultures soulèverait un compromis socio-économico-écologique (gains et dommages directs et indirects des pesticides) motivant une réduction de leur utilisation. Le projet éclairera les porteurs d’enjeux (agriculteurs, collectivités territoriales) en identifiant des pratiques agricoles ou caractéristiques du paysage à valoriser pour la protection des auxiliaires, compensant ainsi la réduction de l’utilisation des pesticides par des services écosystémiques rendus par la biodiversité. Les résultats du projet participeront ainsi à la transition agroécologique nécessaire pour les agriculteurs, les consommateurs, et l’environnement.

 

Description du sujet :

La thèse s’insère dans le projet PhytoPharmacovigilance pour les inVertébrés du sol (PPinVsol) et s’organise en trois volets reposant sur l’analyse de données déjà à disposition (aucune campagne de terrain n’est nécessaire). La thèse adoptera une approche à large échelle englobant des contextes biogéographiques et agricoles variés grâce à l’analyse des données du programme de sciences participatives Observatoire Agricole de la Biodiversité. Ces données seront mises en relation avec celles de la Banque Nationale des Ventes de produits phytopharmaceutiques par les Distributeurs agréés pour évaluer les effets potentiels des pesticides sur les invertébrés du sol, tout en les dissociant d’autres pratiques agricoles et facteurs environnementaux.

 

Méthodologie et mise en œuvre :

Il s’agit d’une étude observationnelle transversale nationale de la vulnérabilité des ETS publics (CHR/CHU, CH) et privés vis-à-vis de sept aléas climatiques en lien avec le CC, à partir d’un échantillon tiré au sort parmi l’ensemble des ETS français, stratifié selon la région en Métropole/ ou région/département ultra-marin, et le type d’établissement. L’interlocuteur sera le plus souvent la direction de la gestion des risques de l’ETS. Un questionnaire sera transmis au correspondant de chaque ETS volontaire pour la recherche d’information au sein de son établissement.

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Profil recherché :

Le.a doctorant.e idéal.e devra être titulaire d’un Master Biodidversité, Ecologie, Evolution (ou équivalent) ou d’un Master en modélisation avec un fort intérêt pour l’écologie scientifique. Une solide expérience avec le logiciel R pour la manipulation de grandes bases de données et l’utilisation de modèles statistiques avancés (p.ex. mixtes, bayésiens) sera absolument essentielle. Aucune campagne de terrain n’étant nécessaire, il faudra avoir une forte appétence pour l’analyse de données.

Il faudra pouvoir démontrer des connaissances poussées en écologie du paysage, écologie fonctionnelle, écologie des communautés et biologie de la conservation. Des compétences en écotoxicologie et en agronomie seraient un plus. Un intérêt pour les invertébrés, pédofaune en particulier, sera un élément important. Une expérience et/ou une curiosité pour les sciences participatives et leur fonctionnement seront recherchées.

La maîtrise de l’anglais (lecture, rédaction) et une motivation à rédiger des publications seront indispensables.

A la fois autonomie et aptitude à travailler en équipe sont des compétences de savoir-être qui seront importantes.

Détails sur le sujet et les **modalités de candidature** sur le lien suivant :
https://drive.google.com/file/d/1_1C-4oMormNdC2SgotV8eEuTpBjds_Gm/view?usp=sharing

 

Contact pour plus d’informations et pour candidater jusqu’au 15/05/26 :

Nicolas DEGUINES :  nicolas.deguines@univ-poitiers.fr